Showing posts with label BIOLOGY FUNDAS. Show all posts
Showing posts with label BIOLOGY FUNDAS. Show all posts

Saturday, January 25, 2020

THE CORONAVIRUS EVERYONE IS TALKING ABOUT


1. The Coronavirus (crown-shaped) virus are a group of viruses that cause diseases of the respiratory tract. From the perspective of molecular biology, one can note that their genome is made, not of DNA, but of RNA.

2. They infect several animals, including humans. Many of them cause mild diseases, but occasionally some of them can be the pathogens of more deadly outbreaks.

3. The ongoing 'arms race' between attacking viruses and defending/succumbing animals is, to put it rather blandly, nothing more than an example of the continuous process of biological evolution on this planet.

4. Of course, we'd not be discussing this if it was just biological curiosity. At least two nasty coronaviruses had struck hard enough at human populations  in the recent 2 decades to be easily retained in our collective memory - MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus) of 2012-13 and the SARS-Cov (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus) of 2003-04.

5. The MERS probably originated in Saudi Arabia and then spread to other parts of the Arab world and Europe. By mid-2013, several patients were dead.

6. The SARS caused a bigger fright worldwide probably because public psychology had no recorded memory of such a thing for a much longer time.  The epidemic started in end-2002 in China's Guangdong Province and then rapidly spread to ~30 countries, again aided by travellers (hence the recent restrictions on travel as you read in the 'papers)

7. The scariest part for both MERS and SARS (although more for the latter) was its high mortality rate. 800 of ~8000 infected were dead overall, but for the elderly it was an absolute killer with ~50% mortality ; worse, the fast spread through airborne droplets meant a large number of doctors and nurses fell sick fast crippling the healthcare systems!

6. Fast forward to 2019. A new coronavirus - a cousin of SARS-CoV (the genomes are 80% identical)  first came into notice in dec-2019. Named 2019-nCov ('n' for novel) it was almost-certainly attacking some other animal so long (initial suspicion was snakes, but its now doubted - could be some seafood), but has now evolved to attack humans too.  And the place where it seems to have crossed over to humans is some exotic animal food market in Wuhan, capital of China's Hubei province. 

7. Again, although it makes sensational news, this is not scientifically surprising. Viruses jump from species to species occasionally. It is a new niche to exploit and that the stuff evolution is made of. As Michael Crichton had so crisply put it, 'Life finds a way'.
Famously, the SARS-CoV initially lived in bats, but had entered civets ( a cat-like animal) when they had eaten fruits contaminated with droppings of bats. When Chinese markets sold civets as exotic food, the virus came in close proximity to humans and 'a lucky one' acquired the ability to jump! soon, its descendants didnt even need the animal to bridge. they were spreading rapidly from man to man! 2019-nCoV is doing something similar - they are cousins.

7. While studies will continue, the important thing is that the Chinese seemed to have learnt their lesson from the SARS scare. They have moved with solid professional speed to identify, sequence (study the genome) and quarantine potential hotspot populations. 

8. 2019-nCoV - which causes flu-like symptoms - is not idle either. It is probably spreading fast. More than 900 people are down, and at least 26 are dead. Importantly, since it is so new, no human population has ever faced it before and so there is no immunological memory of 2019-nCoV. This means that if the virus enters a human, only the individual's innate non-specific immune mechanisms can be marshaled against it. It is the equivalent of using the policemen to face a tank regiment, and, as you can understand, that is just not going to be enough.  It is this life and death race that is worrying governments and doctors and WHO and everyone who can sense its potential gravity. 

8. That said, the world is much better prepared. the sheer amount of discussion filtering into world media is proof of how much more concerned everyone is. Yes, there is no vaccine yet (takes a bit of time to study and do that) and drugs are being tested, but its a doomsday come. no way.

9. Big risk to any of us? Unless you have traveled to Hubei, or those exotic chinese markets or been in contact at airports who was sick with it, the chances of getting 2019-nCov is really less. Watch the news, be updated, that is it.

10. The basic safety rule: Wash hands with soap (not sanitizer) after you return indoors (office, home) from outside. Simple hand washing has probably saved more lives than any medicine. 

11. Worth testing efficacy of gaumutra on this for sure. Everyone claims it is a panacea.

(references:
 https://www.facebook.com/thestemtimes/photos/a.173550999939074/512568562703981/?type=3&theater; 
https://www.facebook.com/paul.rothlauf.3/posts/10212575195093164?hc_location=ufi; 
Brock - Biology of Microrganisms 14th edition;
https://www.nature.com/articles/d41586-020-00180-8
 https://www.nature.com/articles/d41586-020-00166-6






Thursday, January 16, 2020

নারকেলের  তেল, ডেঙ্গির এন্টিবায়োটিক আর মশা 
(Coconut oil as antibiotic against dengue - dehoaxing a whatsapp forward)

অনির্বাণ মিত্র 

এক এক সময় এক একটা হুজুগ ওঠে।  চিরকালই ওঠে অবশ্য,  তবে আজকাল উঠলে ঝট করে ফেসবুক আর হোয়াটস্যাপ দিয়ে ছড়িয়ে যায়। যাকে বলে ভাইরাল! যেমন বছরখানেক আগে কে যেন রটিয়ে দিলো বাড়ির সদর দরজায় নীল রং মিশিয়ে জলের বোতল রাখবেন, আর কুকুর আসবে না। ব্যাস, শুরু হয়ে গেলো! বাড়ি বাড়ি সুতো দড়ি দিয়ে নীল বোতল ঝুলছে ! আর  যেহেতু ডেঙ্গি এখন বেশ হচ্ছে, তাই হোয়াটসাপে একটা 'আকাশবাণী' ঘুরছে -  'নারকেল তেল নাকি ডেঙ্গির  এন্টিবায়োটিক ! তাই ভালো করে মেখে রাখুন।  আর ডেঙ্গির মশা নাকি হাঁটুর ওপরে উড়তে পারে না। (ছবি ১)'
 (pic: Whatsapp forward)


সাধরণত এসব ব্যাপার নিয়ে কিছু বলি না।  আজকাল কিছু বললেই লোকজনের বড় বেশি অভিমান হয়।  মুখ অমনি তেলো হাঁড়ি, ফেসবুকে angry emoticon . তবে, যেহেতু সবার স্বাস্থ -সংক্রান্ত ব্যাপার তাই একটু লিখেই ফেলি। যা ঘুরে বেড়াচ্ছে সেটা কি সত্যি? না ঢপ? পুরো ঢপ  না কি কিছুটা সত্যি?

পোস্টটা দু ভাগে ভাগ করা যায়।  এক নারকেল তেলের ঔষধিক  গুন্গান।  দুই, মশা কতদূর উড়তে পারে।  দ্বিতীয়টা দিয়েই শুরু করা যাক।  ডেঙ্গির মশা নাকি হাঁটুর বেশি উড়তে পারে না- এই বলা আছে।  যা (ইচ্ছে করে ?) বলা নেই তা হলো , কার হাঁটু ? সেই ব্যক্তি তখন কোথায়? রাস্তায় ? না বাড়ির একতলায়? না দুতলায়? তিনতলায়? কারণ, হাঁটু তো সব জায়গাতেই থাকবে!  তাহলে কি ধরে নেবো যে যাঁরা দু তলায় থাকেন, তাদের ডেঙ্গি হবার চান্স শূন্য? সত্যি কি?  আর যদি দুতলায় তিনতলায় হয়, তাহলে কি মশা সিঁড়ি ভেঙে ওপরে ওঠে, উঠে আবার অবশ্য উড়তে শুরু করে , তবে বেশি নয়, ওই হাঁটু অবধি!?  ....গল্পের গরু তালগাছে ওঠার মত একটু বাড়াবাড়ি হচ্ছে না? হচ্ছেই তো - এই না হলে  'হোয়াটস্যাপ বিশ্ববিদ্যালয়ের' জ্ঞান ! ....মশারা যে চার পাঁচ তলার ফ্ল্যাটেও থাকে সেটা তো সবাই জানি , তাহলে এসব ঢপ শেয়ার করার মানে হয় কি ?

এবার নারকেল তেলের ব্যাপারটায় আশা যাক।  এটা অবশ্য নতুন নয়,  অনেকদিনের টোটকা; যাকে বলে 'সবাই জানে', 'শুনেছি'।আমাদের দেশে  কোনো কিছুর সঙ্গে একটা ভেষজ শব্দ জুড়ে দিলে আমাদের অন্তরের শ্রদ্ধা বহুগুন বেড়ে যায়।  কিন্তু, বিজ্ঞান তো সেই হিসেবে চলে না, তাহলে তো সব, ফেলুদার কথায়, 'উঠের পাকস্থলী' হয়ে যাবে ! তাই, একজন আত্মীয় যখন বললেন, ''হয় হয়, সব জানিস না ' তখন ভাবলাম একটু তলিয়ে দেখা যাক।  খুললাম গুগল, বিজ্ঞানচর্চা কিঞ্চিৎ করেছি বলে জানি যে এসব ক্ষেত্রে একদম আসল বৈজ্ঞানিক গবেষণাপত্র দেখায় সবচেয়ে ভালো।  কারণ, মিডিয়া (বিশেষত আজকের দিনে আমাদের দেশের মিডিয়া) প্রচুর ভুলভাল বকে , কোনো কিছু ভেরিফাই না করেই TRPর লোভে ছেড়ে দেয়! আর পাঠক বিভ্রান্ত হয়।  তাই বিজ্ঞানীরা নিজেরা কি লিখেছেন সেটা দেখতে পেলেই ভালো।  

বেশি খুঁজতে হলো না , ২০১৮য় প্রকাশিত একটি গবেষণাপত্র পেয়ে গেলাম, প্রকাশিত হয়েছিল আন্তর্জাতিক খ্যাতিসম্পন্ন জার্নাল SCIENTIFIC REPORTSএ।  নামকরা বিজ্ঞান পত্রিকা, প্রকাশক আধুনিক বিজ্ঞানের সবচেয়ে নামকরা NATURE PUBLICATIONS . সব কিছুই যাচাই করে নিতে হয়, তবে এসব পত্রিকায় প্রকাশ মানে একদম ভুলভাল  হবে না এটা জানা কথা।  
এই সেই পেপার বা গবেষণাপত্র।  
 নাম -  Better than DEET Repellent Compounds Derived from Coconut Oil
Volume 8, Article number: 14053 (2018)   
প্রকাশিত হয়েছিল  19 September 2018
২০জন বিজ্ঞানী মিলে  গবেষণা করেছেন, লিখেছেন, প্রকাশ করেছেন। তাঁদের রচনার নাম দিয়েছেন  'DEETর চেয়ে বেশি কার্যকরী পতঙ্গ বিতাড়ক যৌগিক পদার্থ নারকেল তেল থেকে পাওয়া যায়।' 
(DEET হল diethyltoluamide, যা আজকের দুনিয়ার সবচেয়ে  ব্যবহৃত  insect repellant বা পতঙ্গ বিতাড়ক ) পড়তে পড়তে দেখলাম প্রথম পাতার শেষে বিজ্ঞানীরা লিখেছেন , '...In the present paper, we report that medium chain length fatty acids derived from coconut oil that provide strong repellency to four different types of insect vectors (mosquitoes, ticks, biting flies and bed bugs)...'

অনেকদিন এই ধরণের পেপার দেখেছি বলে চট 'fatty acids derived from'এ নজর আটকে গেল।  এঁরা লিখছেন , 'নারকেল তেল থেকে পাওয়া যায়'; তার মানে  'নারকেল তেল' নয়। চলিত ভাষায় অনেক সময় বোঝা না গেলেও বিজ্ঞানে এই দুইয়ের মধ্যে অনেকটা ফারাক ।   আরেকটু পড়তেই আসল জায়গায় পৌঁছে গেলাম , Bioassays using modified K&D module showed that coconut oil itself had little repellency against stable flies, Stomoxy calcitrans (Fig. 1A). In contrast, the coconut fatty acid mixture, lauric acid, and methyl laurate provided strong repellency against the stable flies.

সোজা করে অনুবাদ করলে যার মানে দাঁড়ায় - 'K and D জৈব্যপরীক্ষা করে প্রমাণিত হল যে নারকেল তেলের নিজের প্রায় কোনো মশা/মাছি  বিতাড়ন-ক্ষমতা নেই। কিন্তু, উল্লেখযোগ্য ভাবে নারকেল তেল থেকে পরিশোদন করে যে fatty acids পাওয়া যায় , যেমন lauric acid ও methyl laureate, তাদের প্রভাবে বেশ কিছু মশা মাছি পতঙ্গ কাছে আসে না।  

এই জৈব্য পরীক্ষা ব্যাপারটা কি? সোজা কথায় এ হল একধরণের এক্সপেরিমেন্ট যাতে রক্তের একটি ছোট্ট কৌটোর কাছাকাছি কোন যৌগিক পদার্থ রেখে দেওয়া হয়।  তারপর দেখা হয় রক্তচোষা মশা /মাছিরা সেখানে রক্ত খেতে আসে, না আসে না।  যদি না আসে, বা কম আসে , তাহলে বোঝা যায় যে ওই সব কম্পাউন্ড কোনো না কোনো ভাবে এই পতঙ্গদের আসতে দিচ্ছে না - হয়তো ওই কম্পউন্ডের জন্যে  রক্তের গন্ধ ঢাকা পরে যাচ্ছে, অথবা ওই বিশেষ গন্ধ মশা মাছির সহ্য হয় না।  

শুধু লিখে না , গবেষণার ফলাফল bar ডায়াগ্রাম করে দেখিয়েওছেন বিজ্ঞানীরা (ছবি ২) ।  এই যে, একদম বাঁ দিকের bar আর একদম ডানদিকের bar মিলিয়ে দেখুন।  কোনো কম্পাউন্ড  না থাকলে ১০০% মশা রক্ত খেতে আসে, আর শুধু নারকেল তেল রক্তের কাছাকাছি রেখে দিলেও ১০০% মশা আসে।  কিন্তু, যদি কাছাকাছি রেখে দেন পরিশোধিত     lauric acid ও methyl laureate ইত্যাদি তাহলে মশা খিদে পেলেও ও পথ মাড়াবে না।  

গবেষণা পত্রের আরো গভীরে যাবো না।ওরা আরো অনেক এক্সপেরিমেন্ট করেছেন।  মোদ্দা কথা, আমাদের যতটা দরকার ছিল সেটা পড়ে কি দাঁড়ালো?  নিজে থেকে নারকেল তেল মশাকে আটকাতে পারে না।  যদি না একদম তৈলাক্ত হয়ে হাতে-পায়ে জামায়-প্যান্টে তেল জ্যাবজ্যাব করে লাগিয়ে থাকেন।   কিন্তু, নারকেল তেল থেকে পরিশোধিত কিছু কম্পাউন্ডের এই ক্ষমতা আছে। স্বাভাবিক ভাবে প্রশ্ন উঠবে -   তাহলে শুধু তেল পারে না কেন? কারণ, সম্ভবত যে পরিমান কম্পাউন্ড  থাকলে মশা আসবে না তার থেকে এই সব কেমিক্যাল তেলে  অনেক কম থাকে। মানে, নারকেল তেলে তো শুধু  lauric acid  নেই, আরো অন্য অনেক কিছু আছে (যারা মশা মাছি তাড়ায় না, এই গবেষকরাই দেখিয়েছেন). সেই সব  অন্য কেমিক্যাল হটিয়ে একে  purify করে আরো ঘন করলে তবেই কাজ দেবে। আরো কিছু ব্যাপার আছে, তবে, বুঝতেই পারছেন, সেটা আমার আপনার কাজ নয়, পারবোও না।    

আরো একটা কথা।  antibiotic কথাটি কিছু বিশেষ কেমিক্যালের  ক্ষেত্রেই প্রযোজ্য, যারা কিছু নির্দিষ্ট উপায়ে বিশেষ বিশেষ ব্যাকটেরিয়াকে মেরে ফেলতে পারে বা তাদের বংশবৃদ্ধি বন্ধ করতে পারে।  যেমন পেনিসিলিন, টেট্রাসাইক্লিন , এরিথ্রোমাইসিন , ক্লোরামফেনিকল , স্ট্রেপ্টোমাইসিন।  মনে রাখতে হবে , ডেঙ্গি কিন্তু ব্যাকটেরিয়াজাত রোগ নয়, এর কারন হল ডেঙ্গি ভাইরাস।  জগতের কোন ভাইরাল অসুখ এন্টিবায়োটিক দিয়ে সারে না, আর বলাই বাহুল্য নারকেল তেল  কোন এন্টিবায়োটিক আজ অবধি আবিষ্কার হয়নি। 

তাহলে এই ভুলটা এল কথা থেকে? সম্ভবত মিডিয়া বুঝতে ও  লিখতে ভুল করেছে। বৈজ্ঞানিক ক্ষেত্রে রিপোর্টিং করতে গেলে প্রায়ই এসব করে, বিশেষত আমাদের দেশের মিডিয়া। 
যেমন ধরুন, বিদেশী কাগজ Independent . দেখুন,  ঠিক লিখেছে - BUG REPELLENT MADE FROM COCONUT OIL COULD WORK BETTER THAN CHEMICALS  https://www.independent.co.uk/life-style/coconut-oil-benefits-health-insect-bug-repellent-deet-study-chemicals-a8613841.html. একদম প্রথমেই 'made from ' . আর রিপোর্টের প্রথম লাইন হল Compounds derived from coconut oil are more effective at repelling insects than chemicals, a new study has revealed. অর্থাৎ, আবার সেই 'derived from' . 
আর এদিকে আমাদের লোকজন ছড়িয়ে লাট !
Coconut oil is better than repellents in preventing insects: Study
এ তো তও ভালো।  ভেতরে বলেছে compoundsর কথা।  এরা আরো বাজে বকে।  Coconut Oil An Effective Mosquito Repellent: 4 Other All-Natural Oils To Prevent Mosquito Bites

হুজুগে জাত আমরা, আর কোনো কিছুর সঙ্গে 'দেশি', 'ভেষজ', 'গাছ গাছড়া' জুড়ে দিলেই মেতে উঠি।  সাংবাদিকরা তো একই সমাজের মানুষ।  আর আজকাল কে আর মন দিয়ে পড়াশোনা করে? করা অবশ্যই উচিত, না হলে বড় বিজ্ঞানী, ঐতিহাসিক,  ইঞ্জিনিয়ার ডাক্তার, অর্থনীতিবিদ , হবে কি করে? তাই স্কুলের ম্যাগাজিনে , বিশেষত ছাত্র ছাত্রীদের জন্যে , এইটুকু লিখলাম।  নমস্কার।  

(ঘাটাল গুরুদাস উচ্চ বিদ্যালয়েরসুবর্ণ জয়ন্তী স্মরণিকা, ২০২০, পৃ. ১১৭-১১৯ এ প্রকাশিত। )

Sunday, January 12, 2020

 HOW A TINY INSECT WAS USED TO TRACE THE ORIGINS OF HUMAN CLOTHING.
Published article

More than a decade ago, I was attending a seminar at NCBS when Prof. Mark Stoneking spoke of this subject. The way it blended my two major fascinations - molecular biology with history/prehistory - almost got me spellbound. Starry eyed, I got past my inhibitions and asked him a few questions at the tea time. The topic stayed at the back of my mind and years later when I was asked to write something on human evolution, this popped up from the files of long-term memory.

I got in touch with Prof. Stoneking  for expert-advice. For someone of his stature, he was so polite and helpful.

It was first published by SciWri and later by THEWIRE.

https://thewire.in/science/tiny-insect-used-trace-origins-human-clothing
THE LIFE AND TIMES OF KAMALA BHAGVAT SOHONIE - THE UNSUNG HERO OF SCIENCE IN INDIA. Published article

The second of my articles for RESONANCE.

Kamala Sohonie battled gender-based prejudice to gain entry into India’s premier research institution. She went on to have a dazzling career while working with the world’s foremost biochemists at Cambridge and later became one of India’s premier scientists. Her research immensely contributed to the discipline of Nutrition and Dietetics. A socially-committed individual, her scientific projects tried to be in sync with the needs of her country. In this article, we present facets of her colourful life – her passions, struggles and ideals.

this is an inspiring tale, and I am so glad I chronicled it. Hugely grateful to Prof. Sohonie's son and daughter-in-law for their support.

https://www.ias.ac.in/article/fulltext/reso/021/04/0301-0314

THE POWER OF SMALL - CHAMPIONING THE UNDERDOGS OF MODERN MEDICINE. Published article


 Now, once i made the blog,  I got to post something as a starter. So,  I thought of this. One of my early articles and the first one written for the IAS science magazine RESONANCE . Suvasini and I zeroed on this idea independently, and then just loved loved the researching for it.
Hope you find it informative and enjoyable too.


Abstract
 If you had been born at the end of the 18th century, you would likely not have lived to celebrate your 40th birthday! What do you think made our present-day long lives possible? In this article, we aim to highlight the importance of the small, oftignored inventions in the area of medical science that have had a big impact on our lives and in the world around us and yet remain under-appreciated and even unacknowledged.

https://www.ias.ac.in/article/fulltext/reso/020/12/1136-1153

 স্কুল খুলুক, সঙ্গে হাওয়া বাতাস খেলুক ক্লাসঘরে ('এই সময়' সংবাদপত্রে প্রবন্ধ -  ২২শে সেপ্টেম্বর, ২০২১)      সোজাসাপ্টা অপ্রিয়   সত...